仕向国がe-ATA未対応の場合は「紙カルネ」で輸入通関するということですが、滞在中にその国がe-ATA対応国となった場合、 再輸出通関は「紙カルネ」ではなく、「e-ATA」で行うのですか？

輸入時に「紙カルネ」で通関した場合は、再輸出時も「紙カルネ」で通関してください。